A Diretoria de Planejamento e Orçamento (Diplan) foi criada em 1993 como Secretaria Executiva do Núcleo Central de Planejamento com a função de exercer a assessoria técnica ao sistema de planejamento da UERJ. Sua história, entretanto, se iniciou em março de 1984, quando foi criada na Universidade a função de consultor para assuntos de planejamento, ligada diretamente à reitoria.

Dois anos mais tarde, em março de 1986, é implementada a Coordenadoria Geral de Planejamento (CGP), com atribuições relacionadas à montagem do orçamento global e ao planejamento da Universidade, auxiliando as unidades e órgãos universitários em projetos, planos ou programas de desenvolvimento e na administração dos espaços físicos.

A partir de junho de 1989, criou-se na UERJ um sistema de planejamento que operava nos níveis estratégico, pelo Núcleo Central de Planejamento (NCP), e operacional, pelo Grupo de Planejamento Participativo e Coordenadoria Geral de Planejamento (CGP), setor extinto em janeiro de 1992.

Após sua implementação, a Diplan passou por algumas reformulações. Em março de 1996 foram criados o Serviço de Importação e o Serviço de Acompanhamento da Execução. Em agosto de 2001, nova reestruturação retira da Diplan o Serviço de Importação, transferido para a Diretoria de Administração Financeira (DAF) e cria Coordenadoria de Gestão Institucional (Cogein), responsável pela coordenação do planejamento da UERJ.

Em fevereiro de 2002, a Diplan passou por sua mais recente reestruturação. Além de se criar a Coordenação de Sistemas de Planejamento, foi acrescentada ao órgão uma estrutura de apoio à Comissão Permanente de Avaliação Docente (Copad), composta pela Coordenação de Avaliação e Acompanhamento Docente (Caadoc) e pelo Serviço de Avaliação e Acompanhamento Docente. Tal estrutura incorpora à Cogein a função de gerência do sistema de planejamento, avaliação e acompanhamento da atuação do corpo docente, o que consolida a Diplan como órgão fundamental na gestão estratégica da Universidade.