A Diretoria de Planejamento e Orçamento (Diplan) foi criada em 1993 como Secretaria Executiva do Núcleo Central de Planejamento com a função de exercer a assessoria técnica ao sistema de planejamento da UERJ. Sua história, entretanto, se iniciou em março de 1984, quando foi criada na Universidade a função de consultor para assuntos de planejamento, ligada diretamente à reitoria.
Dois anos mais tarde, em março de 1986, é implementada a Coordenadoria Geral de Planejamento (CGP), com atribuições relacionadas à montagem do orçamento global e ao planejamento da Universidade, auxiliando as unidades e órgãos universitários em projetos, planos ou programas de desenvolvimento e na administração dos espaços físicos.
A partir de junho de 1989, criou-se na UERJ um sistema de planejamento que operava nos níveis estratégico, pelo Núcleo Central de Planejamento (NCP), e operacional, pelo Grupo de Planejamento Participativo e Coordenadoria Geral de Planejamento (CGP), setor extinto em janeiro de 1992.
Após sua implementação, a Diplan passou por algumas reformulações. Em março de 1996 foram criados o Serviço de Importação e o Serviço de Acompanhamento da Execução. Em agosto de 2001, nova reestruturação retira da Diplan o Serviço de Importação, transferido para a Diretoria de Administração Financeira (DAF) e cria Coordenadoria de Gestão Institucional (Cogein), responsável pela coordenação do planejamento da UERJ.
Em fevereiro de 2002, além da criação da Coordenação de Sistemas de Planejamento, foi acrescentada ao órgão a estrutura de apoio à Comissão Permanente de Avaliação Docente (COPAD), composta pela Coordenação de Avaliação e Acompanhamento Docente (CAADOC) e pelo Serviço de Avaliação e Acompanhamento Docente. Tal estrutura incorpora à COGEIN a função de gerência do sistema de planejamento, avaliação e acompanhamento da atuação do corpo docente, o que consolida a DIPLAN como órgão fundamental na gestão estratégica da Universidade.
Em 2008, atendendo a demanda da recém-empossada reitoria, uma nova reestruturação foi implementada, onde a COPAD é realocada no organograma da Vice-reitoria, levando junto toda estrutura já existente: CAADOC e COGEIN. Por conseguinte, com essa modificação, a Diretoria de Planejamento e Orçamento passou a contar com novas coordenações em sua estrutura: Coordenadoria de Orçamento (COORC), Coordenadoria de Planejamento (CPLAN) e Coordenadoria de Gestão Institucional (COOGEIN).
Buscando atender as mudanças em curso na Universidade, em 2016 surgiu a necessidade de uma nova modificação no organograma. Nesse contexto, surge na estrutura da DIPLAN, a criação dos seguintes componentes organizacionais (termo usado na AEDA): Divisão Administrativa, Divisão de acompanhamento da Execução Orçamentária e Divisão de Informações Gerenciais. Ademais, extingue-se a Coordenação de Gestão Institucional.
Em maio de 2023, a DIPLAN passou pela mais recente mudança na estrutura. Atualmente, o órgão é constituído por quatro Coordenações: Coordenação de Orçamento – COORC, Coordenação de Planejamento Orçamentário – COOPLO, Coordenação de Cooperação em Redes e Prospectivas – COOPREDES e Coordenadoria de Planejamento Institucional – COOPINST.